VMD - Visual Molecular Dynamics

VMD는 사용 가능한 메모리 한도까지 매우 큰 구조로 작업 할 수 있습니다.64 비트 버전의 VMD를 사용하면 대용량의 장기 시뮬레이션 궤적을 물리적 메모리에로드하고 대용량 데이터 세트를 수용 할 수 있습니다.Nature의 2013 년 5 월 30 일호에 설명 된 6 천 6 백만 개의 원자 HIV 캡시드 시뮬레이션은 적절한 장비를 갖춘 그래픽 워크 스테이션에서 VMD로 수행 할 수있는 일류 사례입니다.HIV-1 모델은 구조 구축 도구를 사용하여 시뮬레이션을 위해 준비되었으며 VMD의 스크립팅 기능은 나중에 궤적 분석에 사용되었습니다.Nature 표지에 표시된 HIV-1 캡시드의 모든 원자 구조는 내부 Tachyon 광선 추적 엔진을 사용하여 VMD 내에서 렌더링 된 다음 바이러스 외피와 Nature 표지 텍스트의 예술적 표현으로 합성되었습니다....